Sotto il presbiterio, la cappella di Sant’Eutichio e la sagrestia si snodano gli ambienti sotterranei, dove sono visibili i resti delle tre antiche absidi, raccordate da stretti passaggi. Il materiale di riempimento che nel XVII secolo aveva coperto i resti della struttura romanica non è stato ancora completamente asportato: infatti il livello originario della chiesa si trova ancora più in profondità, come si può vedere nelle cinque nicchie centrali. Di fronte a queste è murato il bassorilievo originairo del sarcofago di Sant’Eutichio. Gli affreschi nelle absidi coprivano una superficie di oltre 50 mq. Dipinti a partire dal 1081 (una iscrizione ricorda il XXI anno dell’episcopato di Rainaldo), sono ascrivibili ad almeno tre periodi diversi, come si è constatato nelle absidi minori, rivestite da più strati sovrapposti, databili fino al XV secolo. Nel 1961 le pitture furono “strappate” su indicazione della Soprintendenza, per salvarle dalla infiltrazioni d’acqua del lago. Dal 1933 sono state riportate a San Giorgio e già in buona parte restaurate, a cura della parrocchia.