Il culto a Maria SS. sotto l'invocazione di "Nostra Signora del Sacro Cuore di Gesù" é d'origine francese.

Nel dicembre del 1854: PIO IX s'appresta a definire il dogma dell'Immacolata. Il mondo cattolico é in fermento e si prepara al grande evento. Anche a Issoudun, nel Centro della Francia, un gruppo di sacerdoti che sta tentando di fondare un istituto di Padri Missionari sotto la denominazione di "Figli del S. Cuore" senza tuttavia riuscirvi, chiede all'Immacolata il Suo intervento. La grazia insperata arriva proprio l'8 dicembre e la nuova congregazione si assumerà tra i propri compiti particolari la diffusione del culto e della devozione a "Nostra Signora del S. Cuore di Gesù". 

Como il culto a Nostra Signora é fatto conoscere dal cappuccino P. Roberto Menini durante il Quaresimale del 1874, predicato in cattedrale. L’ottimo oratore infiammò gli animi di tutti i cittadini dell’epoca.

La proposta di P. Menini di scegliere come sede della nuova devozione la chiesa di S. Giorgio viene accettata, benedetta, incoraggiata dal Vescovo di Como Mons. Carsana. E il 7 aprile 1874, in un trionfo indescrivibile, inizia la vita del Santuario.

Nel 1876 il celebre scultore Giuseppe Bayer, fratello dell'Arciprete don Francesco, cava da un unico blocco di marmo di Carrara la bellissima Statua che si venera nel Santuario. Nel 1876 Marco Enrico Bossi collauda il nuovo organo costruito dalla ditta Marelli di Milano.

Nel 1912 1a famiglia Costantini Giussani Perlasca fa restaurare a proprie spese le due cappelle laterali e rifare in marmo il pavimento del Santuario. In quello stesso anno la chiesa é dichiarata Monumento Nazionale.

Il 15 Agosto 1919, per voto unanime di clero e popolo fatto durante la prima guerra mondiale, il Beato Andrea Ferrari, Cardinale e Arcivescovo di Milano, in qualità di Legato del Papa Benedetto XV, indossando i sacri paramenti donati dallo stesso Pontefice, incorona solennemente in cattedrale Nostra Signora e il Bambino Gesù.

Nel 1925 il Vescovo di Como Mons. Alfonso Archi, che sceglierà poi la chiesa di S. Giorgio come luogo della sua sepoltura dopo averla tanto amata in vita, colloca la statua di Nostra Signora nella nicchia attuale, costruita dietro l'altar maggiore.

Infine, come Patrona della Diocesi e, in particolare, delle vocazioni sacerdotali e del Seminario, l'11 Febbraio 1941, anniversario dell'apparizione dell'Immacolata a Lourdes, Pio XII eleva il Santuario al prestigioso titolo di "Basilica Romana Minore".